當我們將光譜技術應用於分子的結構分析時，應該預先建立光譜中的光譜特徵峰和結構之間的關係。 我們已經開發了用於生物分子，特別是蛋白質結構分析的光譜標記。

原線維中反向平行β-摺板結構的IR標記
我們證明，藉由~1695 cm^-1吸收帶的平行IR線性二向色性，該吸收帶可作為類澱粉蛋白線維中反平行摺板的標記，其中β-摺板的結構是“無限大”。在這項研究中，還顯示β₂-microglobulin的部分片段β₂m_21-29 [²¹NFLNCYVSG²⁹]的類澱粉蛋白原線維，可作為類澱粉蛋白原線維中反平行β-摺板結構的模型。
H.Hiramatsu, M.Lu, Y.Goto, T.Kitagawa, Bulletin of the Chemical Society of Japan 2010, 83, 495-504.

組氨酸側鏈結構的拉曼標記帶
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"Effects of conformation and hydrogen bonding on the C=C and NCN stretching Raman bands of N-deuterated histidinium,"
H.Hiramatsu, N.Miki, H.Takeuchi,
Journal of Raman Spectroscopy 2010, 41, 1418-1423.

圓二色光譜中Cu²⁺-Trp相互作用的特徵
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"Evidence for the Cation-π Interaction between Cu²⁺ and Tryptophan,"
H.Yorita, K.Otomo, H.Hiramatsu, A.Toyama, T.Miura, H.Takeuchi,
Journal of the American Chemical Society 2008, 130, 15266-15267.